Guide

Quel logiciel de comptabilité pour une PME suisse ?

En bref : Avant de comparer les prix, posez-vous une question : qui tient la comptabilité, vous ou votre fiduciaire ? Si c’est votre fiduciaire, le meilleur logiciel est souvent le sien. Si c’est vous, comparez Banana, Crésus, bexio, WinBIZ, CashCtrl, AbaNinja, KLARA et Magic Heidi selon votre forme juridique, la TVA et le nombre d’utilisateurs. Prix vérifiés le 18.10.2026 sur le site de chaque éditeur.

Mis à jour le 19 octobre 2026 · Papeto

En bref : qui tient votre comptabilité ?

Un logiciel de comptabilité sert à passer les écritures, à établir le bilan et le compte de résultat, et souvent à préparer le décompte TVA. Avant de comparer, répondez à cette question :

Rangez vos factures et tickets au fil de l’eau, gratuitement jusqu’à 20 pièces par mois.Commencer gratuitement Voir la démo

Votre fiduciaire tient vos comptes : vous n’avez peut-être pas besoin d’acheter un logiciel. Demandez-lui lequel elle utilise et sous quelle forme elle veut vos pièces.
Vous tenez vos comptes vous-même : choisissez selon votre forme juridique, la TVA, le nombre d’utilisateurs et les fonctions en plus (factures de vente, salaires, stock).
Solution mixte : vous saisissez au quotidien, votre fiduciaire fait le bouclement, les impôts, la TVA et les salaires. Le portail PME de la Confédération cite cette solution comme possible et avantageuse. Il faut alors un logiciel que votre fiduciaire accepte.

Rappel de la loi : une Sàrl ou une SA tient une comptabilité complète (en partie double : chaque opération sur deux comptes), une raison individuelle sous 500 000 CHF de chiffre d’affaires peut s’en tenir aux recettes, aux dépenses et au patrimoine (art. 957 CO). Tous les faits sur les logiciels ci-dessous viennent du site officiel de chaque éditeur, vérifié le 18.10.2026. Les prix changent : vérifiez-les avant de vous engager.

Le tableau des logiciels

Logiciel	Type	Installé ou en ligne	Prix affiché (vérifié le 18.10.2026)	Lecture des justificatifs, selon l’éditeur
Banana Comptabilité Plus	Comptabilité (partie double, recettes et dépenses, multidevise), factures	Installé : Windows, Mac, Linux, aussi sur tablettes iOS et Android	Free : gratuit jusqu’à 70 écritures. Professional : CHF 89 par an. Advanced : CHF 179 par an (décompte TVA, annoncé pour les assujettis). TVA comprise, abonnement personnel par utilisateur	Pas de lecture automatique trouvée sur banana.ch ; pièces jointes numériques possibles
Crésus Comptabilité	Comptabilité ; modules Facturation et Salaires à part	Installé : Windows, macOS, Linux ; ou en ligne avec Crésus Cloud	Location dès CHF 20 par mois, ou achat CHF 600 et Crésus+ dès CHF 120 par an. Crésus Cloud : CHF 26 par mois et par utilisateur. Hors TVA	QR-factures lues par glisser-déposer ou avec l’app Crésus Pay (module Facturation et Crésus+) ; pas de lecture des tickets trouvée sur cresus.ch
bexio	Gestion complète : offres, factures, comptabilité, salaires selon le pack	En ligne, avec l’app bexio Go	Par mois, annuel ou mensuel : Basic 35 ou 45, Advanced 42 ou 52, Optima 69 ou 79, Ultimate 119 ou 129. Hors TVA	QR-factures ; lecture IA des reçus (Scan2Go) dès le pack Advanced : 50 scans par mois, 100 en Optima, illimité en Ultimate (usage raisonnable, environ 1 000 par mois)
WinBIZ	Gestion : comptabilité, ventes, achats, salaires, stock, projets, caisse	En ligne (WinBIZ Cloud) ou installé (WinBIZ local)	Prix unique affiché : CHF 64 par mois et par accès en forfait annuel, CHF 74 en mensuel. Hors TVA	App WinBIZ pour saisir les factures fournisseurs avec leur code QR dans WinBIZ Cloud ; lecture des reçus par des apps d’autres éditeurs dans le WinBIZ App Store
CashCtrl	Comptabilité, débiteurs et créanciers, factures ; salaires en PRO	En ligne ; interface en allemand et en anglais	FREE : gratuit (1 utilisateur, 1 organisation). PRO : CHF 350 par an (3 utilisateurs, 2 organisations, 1 Go). FL4T : CHF 3 900 par an. TVA comprise, payé d’avance	Pièces jointes en PRO ; pas de lecture automatique des reçus trouvée sur cashctrl.com
AbaNinja	Gestion : comptabilité, commandes, factures QR, salaires	En ligne	Starter : CHF 0 (1 utilisateur, 1 000 documents par an). Basic : CHF 21 par mois. Pro : CHF 49 par mois. La page ne précise pas si la TVA est comprise	Lecture IA des documents annoncée (factures fournisseurs, reçus des notes de frais)
KLARA	Gestion : comptabilité assistée par l’IA, CRM, commandes ; salaires en option	En ligne, avec l’app myKLARA	Business BASIC dès CHF 48 par mois, PLUS dès CHF 69, PREMIUM dès CHF 111. Hors TVA. Prix exact calculé dans le « Widget Store » de KLARA	Factures et justificatifs scannés avec l’app myKLARA et enregistrés avec l’IA
Magic Heidi	Factures et comptabilité simplifiée, pour indépendants	Apps iPhone, Android, Mac, Windows et web	Gratuit : 3 factures et 3 justificatifs au total. Pro : CHF 299 par an ou CHF 39 par mois. TVA comprise	Scan IA des justificatifs, illimité en Pro (usage raisonnable)

Pour lire ce tableau : certains prix sont hors TVA, d’autres TVA comprise ; ajoutez 8,1 % aux prix hors TVA pour comparer. Les offres n’ont pas toutes les mêmes limites (utilisateurs, écritures, documents). Pour un comparatif détaillé, voir nos pages Papeto et bexio et Papeto ou Magic Heidi.

Si vous tenez la comptabilité vous-même

Quand chaque logiciel convient

Banana convient si vous voulez un logiciel installé sur votre ordinateur, payé à l’année, et une comptabilité en partie double ou recettes-dépenses. Pour le décompte TVA, il faut le plan Advanced selon Banana.
Crésus convient si vous préférez un logiciel installé, à louer ou à acheter, avec des modules séparés pour la facturation et les salaires. Crésus Cloud permet d’y accéder en ligne. Crésus indique que ses modules sont mono-utilisateurs : une seule personne à la fois travaille sur une même comptabilité.
bexio convient si vous voulez tout au même endroit et en ligne : offres, factures de vente, comptabilité, banque et salaires selon le pack, avec un accès gratuit pour votre fiduciaire selon bexio.
WinBIZ convient si vous avez besoin d’un outil de gestion large (ventes, achats, stock, salaires, caisse) et que vous voulez choisir entre le cloud et une installation locale.
CashCtrl convient si une interface en allemand ou en anglais ne vous gêne pas et que vous voulez démarrer gratuitement en ligne, puis passer à PRO pour les salaires, l’import bancaire et plusieurs utilisateurs.
AbaNinja convient si vous voulez une gestion en ligne avec une offre de départ gratuite et une lecture IA des documents.
KLARA convient si vous voulez une gestion en ligne modulaire (comptabilité, CRM, caisse, boutique, salaires en option) et scanner vos justificatifs avec son app.
Magic Heidi convient à l’indépendant qui fait lui-même ses factures, ses dépenses et sa TVA, en comptabilité simplifiée.

Les questions à se poser

Forme juridique : une Sàrl ou une SA a besoin d’une comptabilité en partie double ; un outil de comptabilité simplifiée ne suffit pas pour elle.
TVA : votre entreprise est-elle assujettie (inscrite à la TVA) ? Le logiciel prépare-t-il le décompte selon votre méthode, effective ou TDFN ? Voir notre guide de la TVA suisse.
Utilisateurs : combien de personnes travaillent dedans, en même temps ou non ? Votre fiduciaire a-t-elle un accès ?
Banque : le logiciel importe-t-il vos relevés camt.053 ou se connecte-t-il à votre banque ?
Justificatifs : comment vos factures et tickets arrivent-ils dans le logiciel, et combien de lectures automatiques sont comprises ?
Coût total : prix de base, utilisateurs en plus, salaires, modules, et TVA comprise ou non.

Si votre fiduciaire tient la comptabilité

Vous lui donnez vos pièces, elle fait les écritures, le bouclement et souvent la TVA. Dans ce cas :

Demandez-lui son logiciel avant d’en acheter un. Le portail PME rappelle que le choix de la fiduciaire est une décision importante, fondée sur la confiance.
Demandez sous quelle forme elle veut vos pièces : papier, PDF, export pour son logiciel, accès à un outil partagé. Et à quel rythme : chaque mois, chaque trimestre pour la TVA, ou une fois par an.
Ne doublez pas le travail. Si elle travaille dans son propre logiciel, inutile d’en payer un second pour vous, sauf si vous voulez facturer vos clients vous-même : dans ce cas, un outil de facturation peut suffire.

Pour préparer la fin d’année, voir notre check-list du bouclement. Vous créez votre entreprise ? Voir la comptabilité de la première année.

Où se place Papeto

Papeto n’est pas un logiciel de comptabilité. Il intervient avant : il collecte vos factures et tickets, les lit, les relie à votre relevé bancaire et les prépare pour votre fiduciaire ou pour votre logiciel. La comptabilité, le bouclement et le décompte TVA se font ensuite dans le logiciel comptable.

Logiciel de votre fiduciaire ou le vôtre	Export Papeto aujourd’hui
Banana	Fichier d’import Banana
Crésus	Fichier texte au format étendu de Crésus, TVA reprise
Sage 50 Suisse	Fichier TAF
CashCtrl	Fichier Excel
Abacus	CSV aux noms de champs AbaConnect, à associer une fois par le partenaire Abacus
WinBIZ, bexio	Pas encore disponible : CSV générique et pièces renommées en attendant
Autres logiciels	CSV et ZIP des pièces renommées

Il n’y a pas de connexion directe : vous, ou votre fiduciaire, importez le fichier. Si votre logiciel lit déjà vos reçus et que votre fiduciaire y travaille directement, vous n’avez probablement pas besoin de Papeto en plus.

Avec Papeto : vous photographiez vos factures et tickets depuis le navigateur de votre téléphone, vous les transférez par e-mail ou vous les glissez sur l’ordinateur. Papeto lit la date, le fournisseur, le montant, le numéro TVA et le taux de TVA, et propose un compte selon le plan comptable PME et un code TVA. Importez vos relevés bancaires : un paiement sortant sans justificatif après 7 jours est listé et vous est rappelé par e-mail en semaine, une fois par semaine, 4 fois au plus. Vous invitez gratuitement votre fiduciaire, qui voit vos pièces et votre banque et exporte vers son logiciel. Offre gratuite : 20 pièces par mois, sans limite de durée et sans carte. Au-delà, deux offres payantes de 100 ou 300 pièces par mois, voir les tarifs. Créer mon compte gratuit

Questions fréquentes

Quel est le meilleur logiciel de comptabilité pour une PME suisse ?

Il n’y en a pas un seul. Si votre fiduciaire tient vos comptes, demandez-lui d’abord son logiciel. Si vous tenez la comptabilité vous-même, le choix dépend de la forme juridique, de la TVA, du nombre d’utilisateurs et de ce que vous voulez en plus (factures de vente, salaires, stock).

Existe-t-il un logiciel de comptabilité gratuit en Suisse ?

Plusieurs éditeurs ont une offre gratuite limitée, selon leur site le 18.10.2026 : Banana (plan Free, jusqu’à 70 écritures), CashCtrl (FREE, 1 utilisateur et 1 organisation), AbaNinja (Starter, 1 utilisateur et 1 000 documents par an) et Magic Heidi (3 factures et 3 justificatifs au total). Vérifiez les limites avant de commencer.

Faut-il le même logiciel que sa fiduciaire ?

Ce n’est pas obligatoire, mais c’est plus simple. Sinon, il faut un fichier d’export que son logiciel sait importer, ou lui donner un accès à votre logiciel. Demandez-lui ce qu’elle préfère avant de choisir.

Papeto est-il un logiciel de comptabilité ?

Non. Papeto collecte, lit et range vos factures et tickets, les relie à votre relevé bancaire et les prépare pour votre fiduciaire ou pour un logiciel comme Banana, Crésus, Sage 50 Suisse, CashCtrl ou Abacus. La comptabilité, le bouclement et le décompte TVA se font dans le logiciel comptable.

Les prix des logiciels sont-ils hors TVA ?

Pas toujours. Le 18.10.2026, bexio, Crésus, WinBIZ et KLARA affichaient des prix hors TVA ; Banana, CashCtrl et Magic Heidi des prix TVA comprise. La page d’AbaNinja ne le précisait pas. Comparez toujours sur la même base.